AM2R: Return of Samus

L'intrigue du jeu est largement inchangée par rapport à Metroid II. Il présente maintenant une introduction de style Super Metroid, racontée par Samus Aran (délits ci-dessus), sur la nature de sa mission sur SR388. Au cours du jeu, les scanners de Samus téléchargent automatiquement des entrées de journal similaires à celles de la série Metroid Prime qui révèlent des traditions supplémentaires sur les zones et les patrons. Elle peut découvrir des zones facultatives qui incluent les sites d'atterrissage du G.F.S. Thoth et un patrouilleur de classe Anhur transportant les deux équipes de la Fédération Galactique mal nourries envoyées pour secourir l'escadron spécial de la Fédération Galactique envoyé précédemment. Metroid II n'a pas présenté les derniers lieux de repos de ces équipes de la Fédération, malgré les avoir mentionnés dans le manuel. Samus rencontre également des Marines de la Fédération survivants qui combattent un Metroid Zeta qui se métamorphose en un Metroid Omega avant de les tuer sans effort. Il n'est pas possible de sauver les marines. Les mystérieux tremblements de terre liés à la mort de Metroids sont insinués pour être causés par la Reine Metroid elle-même, comme ses cris peuvent être entendus lors des derniers quelques dans le jeu. Le journal de bord révèle que le système de cavernes est situé entre deux plaques tectoniques sur SR388. Le jeu se termine avec Samus tuant les autres Metroids, la Reine, et découvrant un bébé Metroid qu'elle appelle plus tard le bébé. Après les crédits, Samus parle de la célèbre phrase introductive de Super Metroid: "Le dernier Metroid est en captivité. La galaxie est en paix." Dans la meilleure fin, Samus est vue dans son Gunship appelant l'Académie des sciences spatiales sur le bébé, menant à Super Metroid.