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Le jeu a lieu en 2037. L'histoire commence le 6 février 2036, lorsqu'un accident impliquant des ordinateurs qui font du berserk détruit de nombreuses grandes villes du monde entier. La catastrophe massive est appelée le "problème 2036", mais il y a une prédiction qu'il y aura un incident similaire en 2038. Ainsi, un groupe de scientifiques utilisent le superordinateur Gaia pour créer un « simulateur de Terre » pour l'empêcher de se produire, mais échouent parce que le potentiel de naissance humaine a chuté considérablement. Les scientifiques introduisent alors la formule du « Message d'Arecibo » au simulateur de la Terre, faisant entrer l'humanité dans un autre monde avec succès. Ils sont excités au début, jusqu'à ce qu'ils réalisent que les êtres humains dans le simulateur de Terre eux-mêmes ont créé un autre simulateur de Terre. Les scientifiques commencent à soupçonner qu'ils ne sont en fait que le produit d'un simulateur de Terre provenant de créatures dont la position est au-dessus d'eux. L'histoire se concentre autour de Takaoka Pollon, un hacker qui a la capacité de "Save and Load" comme dans un jeu vidéo. En utilisant son système de déclenchement Hacking, il peut intervenir avec la ligne du monde autour de lui.