Cave Story

Le personnage du joueur se réveille dans une grotte sans souvenir de sa venue. Il trouve un village de Mimigas, persécuté par le Docteur. Les serviteurs du Docteur Misery et Balrog cherchent Sue Sakamoto, une fille qui avait été transformée en Mimiga. Ne la trouvant pas, ils enlèvent par erreur une autre Mimiga nommée Toroko. La joueuse retrouve Sue dans le couloir des oeufs, où elle découvre les œufs d'un Dragon du Ciel, qui pourrait lui permettre d'échapper à l'île flottante si elle éclose. Sue tente de sauver son frère Kazuma, mais King, le chef du village de Mimiga, la capture et la tient responsable de l'enlèvement de Toroko. Sue charge le joueur de récupérer Kazuma de Grasstown. Après l'avoir libéré, ils rencontrent le professeur Booster, qui révèle que le Docteur prévoit d'utiliser les fleurs rouges sur Mimigas pour créer une armée pour prendre le monde de surface. Booster envoie le joueur dans la zone de sable pour détruire les fleurs rouges avant que le Docteur puisse les trouver. Pendant ce temps, le joueur rencontre Curly Brace, une robotne qui n'a aucun souvenir de son passé, et Jenka, une vieille sorcière qui est la mère de Misery et gardienne des fleurs rouges. Jenka appelle le personnage de joueur un « soldat de la surface », l'un des nombreux qui ont été envoyés sur l'île pour massacrer les Mimigas. La misère transporte le joueur au Labyrinthe au fond de l'île comme punition pour avoir interféré avec les plans du Docteur. Curly Brace a également été jeté dans le Labyrinthe et ils coopèrent pour s'échapper. Balrog les aide à déplacer le rocher qui bloque la sortie, révélant sa nature aimable. La paire trouve et bat le Core, une créature magique dont le pouvoir maintient l'île à flot. Cependant, le Docteur intervient pour le sauver avant que l'île ne s'effondre. Selon certaines conditions, le joueur peut sauver Curly Brace, qui a sacrifié son réservoir d'air pour sauver le personnage du joueur. Quand il revient au village de Mimiga, il découvre que le Docteur a capturé les Mimigas. Dans le couloir des oeufs, Kazuma offre au joueur un choix pour échapper à l'île avec lui en utilisant un Dragon du Ciel, menant à une fin alternative dans laquelle le Docteur conquiert le monde de surface tandis que Kazuma et le joueur se cachent dans les montagnes. Le joueur peut plutôt choisir de confronter le Docteur et détruire le noyau de l'île, ce qui rendrait les Mimigas normaux. Le joueur écaille le mur extérieur de l'île pour atteindre la plantation où le Docteur utilise les Mimigas comme travailleurs esclaves pour cultiver des fleurs rouges. Les serviteurs du docteur le capturent et le placent dans une cellule avec Sue. Elle est enlevée avant que le joueur ne se réveille, mais sa lettre révèle que le docteur était membre de l'expédition de recherche qui comprenait la famille de Sue et le professeur Booster, mais il les a trahis une fois qu'il a trouvé la Couronne Démon. Sue ordonne au joueur de trouver sa mère qui pourrait avoir un plan pour arrêter le Docteur. Si le joueur a enregistré Curly Brace plus tôt, le joueur peut trouver un élément pour restaurer ses souvenirs. Elle se souvient que le nom du joueur est Citation, et qu'ils n'étaient pas les robots tueurs qui ont tué Mimigas dans le passé. Au lieu de cela, ils ont été envoyés pour détruire la Couronne Démon pour empêcher son pouvoir de tomber entre de mauvaises mains. Citation trouve la mère de Sue, Momorin, qui construit une fusée qui permettra d'accéder au sommet de l'île où réside le Docteur. Après l'avoir aidée à terminer la fusée, Citation affronte Misery et le Docteur. Le Docteur a purifié l'essence des fleurs rouges en un cristal, ce qui lui permet de survivre même après Citation détruit son corps. L'esprit du Docteur possède le noyau de l'île, mais Citation réussit à détruire cela aussi, ce qui fait que l'île commence à tomber sur Terre. Dans certaines conditions, le joueur peut passer à une étape de bonus appelée Sanctuaire Bloodstaind où le créateur de la Couronne Démon, Ballos, est emprisonné. Ballos, le frère de Jenka, était un puissant magicien qui est devenu fou après avoir été torturé. La misère força Ballos à créer la Couronne démoniaque, mais Balrog et elle furent maudites pour servir celui qui la possédait. Avec l'aide de Curly Brace, Citation bat Ballos et arrête la source d'énergie négative qui a causé la chute de l'île, sauvant ses habitants. Balrog sauve les deux avant qu'ils ne soient écrasés par la prison qui s'effondre de Ballos – il avait été envoyé par Misery pour remercier pour avoir brisé sa malédiction. Citation, Curly Brace, et Balrog quittent l'île pour vivre leurs jours en paix.