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Le jeu s'ouvre le 11 septembre 2018. Lorsque Hayato est sur le point de tester son pack de vol "Dragon Unit" sur le toit de l'école, une fille tombe du ciel, portant un dispositif similaire. Il essaie de la sauver, mais tombe à sa mort; après cela, il est transporté dans le temps sans aucun souvenir de l'événement, et parvient à la sauver. Son nom s'avère être Arika Tokitou. Ryusei Academy et le Second Science Club se préparent pour un festival scolaire qui est prévu pour un mois plus tard, lorsque le professeur de sciences de Hayato, Genkuro Kanbara, lui donne une puce de smartphone composée d'une « Pierre Agastia », qui théoriquement lui permettrait de recevoir des messages vocaux de l'avenir. Il l'installe et reçoit des messages de l'avenir, mais il est incapable de dire ce qu'ils disent. À un moment donné, en raison d'un accident avec l'unité Dragon, la maison de Hayato souffle, le forçant à dormir dans le club de science. Lui et le reste du club décident que pour le festival, ils devraient faire une performance en direct pour Hikari. Pendant le mois, Hayato et Hikari se rapprochent, et il emménage avec elle. Il l'aide à surmonter les problèmes avec confiance en soi et à réussir à la performance en direct, et ils deviennent un couple. À la fin du festival, le temps revient au 11 septembre; le même mois tourne plusieurs fois, Hayato n'en étant pas conscient et n'ayant aucun souvenir des boucles passées. Au cours de chaque boucle, il s'implique étroitement avec l'un des personnages féminins du jeu, les aide à participer au festival et à résoudre leurs problèmes personnels. Alors qu'Arika est distante au début, elle commence à éclairer Hayato plus il passe en boucles. Après plusieurs boucles, Hayato revient au 11 septembre avec ses souvenirs intacts, et réalise qu'Arika est le seul qui semble avoir un lien avec la boucle. Il la confronte, et bien qu'elle admette avoir un lien, elle ne lui fait pas confiance pour l'aider. Quand Hayato se rend compte que sa maison est sur le point d'exploser, avec Hikari et Arika à l'intérieur, il les sort au lieu de sauver l'unité Dragon ; cela lui rapporte la confiance d'Arika, et elle lui dit qu'elle voyage dans le temps à partir de 2040. Apprenant que sa présence a causé une boucle temporelle, elle voulait revenir à son temps, mais n'a pas pu le faire car sa machine à remonter le temps avait cassé. Hayato rassemble des pièces pour le réparer, et se rapproche à nouveau de Hikari. Il apprend que la vraie identité d'Arika est Akari Hino, et qu'elle est la fille de Hayato et Hikari du futur. À l'avenir, Hayato était devenu un ouvrier, construisant une machine à remonter le temps tout en négligeant Hikari et Akira; en colère, Akira avait volé la machine à remonter le temps et a voyagé jusqu'en 2018. Comme la machine à remonter le temps ne fonctionne que dans un environnement à gravité nulle, ils la combinent avec l'unité Dragon et la conduisent à la tour Sky de 1 200 pieds; leur façon est entravée par un tremblement de terre, mais ils sont en mesure de l'atteindre avec l'aide de Hikari, Tamaki, Yuzu, Nanari, et le professeur Kanbara. L'expéditeur des messages vocaux du futur se révèle être le Hayato de 2040 ; comme les futures versions de Hayato et Hikari l'avaient vu en 2018, ils savaient qu'ils devaient recréer les événements afin d'éviter un paradoxe temporel qui ferait cesser Akari. De ce fait, Hayato avait passé tout son temps à créer une machine à remonter le temps en 2040, alors qu'il a agi froidement à Akari dans le but de la motiver à voyager dans le temps. Le Hayato de 2040 a ensuite envoyé des messages vocaux à son auto 2018 pour offrir des conseils et pour causer un paradoxe ontologique, assurant la continuité de l'existence d'Akari. Akari voyage jusqu'en 2040, rompt la boucle et se réconcilie avec ses parents.