Fullmetal Alchemist and the Broken Angel

Se déroulant entre les épisodes 17 et 18 de l'anime, le jeu commence avec les frères Elric (quelque peu escortés par le major Alex Louis Armstrong) en direction de Central City en train. Pendant qu'Ed gémit, Al consoles et Armstrong flexes, le train est soudainement attaqué par des terroristes. L'escarmouche finit par se terminer avec un train détruit et les frères de la ville de New Heissgart, à la recherche d'un tour à Central. Là, ils rencontrent une fille nommée Armony et apprennent plus du Catalyste du Philosophe, un objet presque aussi puissant que la Pierre du Philosophe elle-même, mais utilisé pour augmenter l'efficacité de l'alchimie. Le Catalyste du Philosophe semble être directement lié aux chimères de berserk, à la force militaire voyoue et au rassemblement des alchimistes dans la ville. Les Elrics trouvent bientôt que leur simple mission pour un train se transforme en beaucoup plus en apprenant le Catalyste et les mystères sombres qui l'entourent.