Mega Man Zero 2

Un an s'est écoulé depuis la défaite de Zero Copy X. Il a depuis passé son temps à errer dans le désert défait vague après vague de Panthéons. Alors que le jeu s'ouvre, Zero fait son chemin à travers une tempête de sable enveloppée dans un manteau tapi. Comme les sables meurent, il se rend compte qu'il est une fois de plus poursuivi par des ennemis. Bien qu'il soit en déroute, avec une armure cassée et des armes cassées (sa tige et son bouclier étant inutiles), son manteau est jeté aux vents et son fusil Buster Shot est tiré en défense. Ailleurs, les trois membres survivants des Four Guardians (Fantôme auto-destructé essayant d'arrêter l'assaut de Zero sur la zone X dans le jeu précédent) ont pris le commandement de Neo Arcadia, avec Harpuia comme leader. Copier la mort de X était couvert, alors que les humains le vénéraient comme leur sauveur. Harpuia quitte Neo Arcadia et rencontre Zero après sa bataille dans le désert. Harpuia l'amène à la nouvelle base de résistance où Zero est réparé et réuni avec Ciel et le reste de la Résistance, et rencontre également leur nouveau commandant, Elpizo. Seul dans son bureau, Ciel raconte à Zero les changements qui ont eu lieu au cours de l'année où il a disparu, et lui rappelle son objectif ultime de créer un nouveau système énergétique. Elle lui montre un Baby Elf, qui est la base de ses recherches actuelles.