Prototype

Le jeu suit Alexander J. Mercer (voilé par Barry Pepper) qui se réveille dans une morgue dans le sous-sol de Gentek, une société de génie génétique basée à Manhattan, envoyant une paire de scientifiques qui étaient sur le point d'effectuer une autopsie. Alex s'échappe, et les scientifiques sont abattus par des militaires. Alex est découvert et attaqué. Il survit à ce que des balles lui soient tirées dans la poitrine, et saute sur un mur en toute sécurité. Il découvre bientôt qu'il possède maintenant de puissantes capacités de changement de forme, force surhumaine, vitesse, agilité, durabilité, sens, endurance, armement et la capacité de « consumer » les gens pour gagner leurs souvenirs, leurs compétences et leur apparence. Sans souvenir de sa vie précédente, Alex décide de trouver et de consommer ceux liés à la conspiration afin de découvrir la vérité. Pendant sa quête, Alex fait face à deux factions : le United States Marine Corps et Blackwatch, une unité des forces spéciales de Fort Detrick dédiée à la lutte contre la guerre biologique, et les monstres infectés créés par un virus appelé BLACKLIGHT qui envahit Manhattan. Le capitaine Robert Cross (voilé par Jeffrey Pierce), officier Blackwatch, reçoit l'ordre de trouver et de contenir Alex. Alex prend contact avec sa sœur, Dana (voilée par le lac Bell), qui l'aide à retrouver des cibles, menant à l'infiltration du quartier général de Gentek. Il trouve une jeune femme appelée Elizabeth Greene contenue dans le bâtiment. Greene est l'hôte de BLACKLIGHT et lors de son évasion, elle le déchaîne sur Manhattan. Dana dirige Alex vers Karen Parker, son ex petite amie. Elle accepte de l'aider à arrêter le virus, tout en exigeant qu'Alex ramène des échantillons du virus. Karen conduit plus tard Alex dans un piège, où il est confronté par Cross. Au cours de leur bataille, Alex a failli vaincre Cross quand Cross a mentionné 'Penn Station', déclenchant un flashback qui laisse Alex ébloui. Alex est injecté avec un parasite qui menace de le tuer. Alex sollicite l'aide du Dr Ragland, pathologiste lié à Gentek. Ragland aide Alex enlève le parasite et le transforme en arme contre Greene. Cependant, il n'a aucun effet sur Greene car son corps a immédiatement rejeté le parasite, et la biomasse rejetée forme un être monstrueux, le Chasseur Suprême, qu'Alex tue. Les origines du virus et Elizabeth Greene sont découvertes par un contact : en 1969, le gouvernement a testé le prédécesseur du virus à Hope, Idaho, conçu pour cibler des races prédéterminées. Le virus s'est transformé en quelque chose de beaucoup plus mortel, et toute la population a été infectée. Elizabeth Greene était la seule survivante; une anomalie dans la biologie de son corps a accepté le virus, réécrire son code génétique avec celui de son fils à naître, le nom de code PARIAH. La population restante de Hope, l'Idaho, a été liquidée par Blackwatch. Greene et PARIAH ont été gardés en captivité pour de plus amples recherches. Alex découvre son propre passé : Blackwatch a fermé le projet Gentek en raison de fuites et a ordonné l'élimination de tout le personnel du projet. Alex Mercer a pris un échantillon de BLACKLIGHT comme "assurance". Finalement épinglé par Blackwatch à Penn Station. Alex, dans un dernier acte de désespoir et de vengeance brise la fiole contenant le BLACKLIGHT, libérant le virus avant d'être abattu. Le virus est entré dans le sang de Mercer par les trous de balle et a réparé son corps au niveau cellulaire. Le contact et Alex pompent un nouvel agent biologique "BLOODTOX" souterrain afin de conduire le virus au-dessus du sol où il peut être combattu directement, faisant émerger Greene, enfermé dans une monstruosité imposante. Greene tombe du monstre sous forme humaine une fois vaincue, et est consommée par Alex. Par ses souvenirs, il devient évident que le général Randall, chef de Blackwatch, est prêt à détruire Manhattan avec une arme nucléaire. Le contact, révélé être Cross. Alex avec l'aide des capitaines, infiltre l'USS Ronald Reagan pour arrêter Randall. Une fois qu'Alex consomme Randall, Cross est révélé être le chasseur suprême, qui a assumé l'identité de Cross après l'avoir consommé, et attaque Alex, affirmant que lorsque Blackwatch quitte NYZ ils ne seront plus à la recherche d'infection, et qu'après avoir consommé Alex, il sera alors assez fort pour survivre à la détonation nucléaire. Alex bat le chasseur suprême et déplace l'arme dans l'océan Atlantique avec un hélicoptère, où elle détone et l'attrape dans l'explosion. Ses restes flottent vers la ville et se régénèrent après avoir consommé un corbeau. Au cours des crédits, il est révélé que le public considère que l'armée a été celle qui a arrêté l'infection; un sénateur américain est entendu dire aux médias que les événements à Manhattan étaient un cas de terrorisme nucléaire et biologique, et promet de punir les responsables. Alex, en réfléchissant aux événements qui se sont produits et à la vérité qu'il a découvert sur lui-même, affirme qu'il est « devenu quelque chose de moins qu'humain, mais aussi quelque chose de plus ». Après les crédits, Manhattan se remet lentement, le virus a été presque complètement éradiqué. Alex, debout sur le bâtiment Reuters à Times Square, fait remarquer que son travail est presque terminé.