Prototype 2

Deux ans après les événements du jeu original, le sergent James Heller, après son retour de tournée en Irak, découvre que sa femme et sa fille sont déclarées mortes, ce qui le fait rejoindre l'armée dans la lutte pour NYZ contre le virus Blacklight. Heller est informé des épidémies précédentes à Idaho dans les années 60 et à NYZ dans les événements du premier match. Plus tard, il trouve Mercer et commence à le poursuivre. Poursuivant Mercer pour se venger, Heller est infecté par Mercer avec une souche qui l'imprègne avec des capacités suprahumaines similaires. Après s'être évanouie, Heller se réveille dans un laboratoire de Zone Jaune où le Dr Anton Koenig, scientifique de Gentek, et le Col Blackwatch Douglas Rooks l'expérimentent. Heller s'échappe de la base de Gentek, quand Mercer le confronte et prétend que Gentek et Blackwatch sont responsables de la recréation et de la culture du virus Blacklight, les rendant responsables de la deuxième infection et de la mort de la famille de Heller. Dévoilant ses plans pour abattre Gentek et Blackwatch, Mercer offre une trêve à Heller. Inquiet des intentions de Mercer Heller va à son pasteur local, le Père Luis Guerra, pour des conseils et de l'aide. En utilisant les informations fournies par Guerra, Heller pirate les terminaux Blacknet pour découvrir et saboter un certain nombre de leurs opérations. Peu à peu en consommant son chemin à travers Blackwatch, Heller finit par trouver et confronter Koenig, qui prétend être de son côté et révèle le programme super-soldat de Blackwatch, nom de code "Orion". Heller empêche Project: Orion de progresser en tuant un super-soldat qui a été injecté avec son ADN. Après avoir consommé un des chefs scientifiques, Heller découvre que Koenig l'observait afin de trouver ses faiblesses. Enragé par la trahison de Koenig, Heller ne le traque que pour découvrir qu'il a des pouvoirs semblables à lui et Mercer, et est l'un des nombreux agents "évolués" plantés dans Gentek et Blackwatch par Mercer. Après avoir battu et consommé le médecin, Mercer révèle à Heller qu'il a l'intention de le recruter dans une tentative de contrôler NYZ. Ses doutes grandissants, Guerra montre alors Heller une vidéo de Mercer libérant le virus pour la deuxième fois à Penn Station, le même endroit Mercer initialement libéré et contracté le virus. Enragé par la tromperie de Mercer, Heller part à la Zone Verte pour traquer les hommes de main de Mercer, y compris un agent Evolved à Gentek nommé Sabrina Galloway; cependant, face à Galloway, Heller fait équipe avec elle quand elle révèle qu'elle peut l'aider à descendre Mercer. Avec l'aide de Galloway, Heller découvre bientôt que Mercer prévoit infecter le monde entier par « Whitelight », un vaccin contaminé libéré par Gentek qui sert en fait à accélérer l'infection et l'évolution plutôt que de l'empêcher. Frustré par Heller sabotant ses plans, Mercer tue le père Guerra; en trouvant son cadavre, cependant, un Heller en deuil utilise le téléphone de Guerra pour atteindre Athena, le contact de Guerra qui se révèle être Dana Mercer. Dana explique que la fille de Heller, Maya, est toujours en vie, incitant Heller à se diriger vers la Zone Rouge pour abattre Mercer et sauver Maya. Après avoir empêché la deuxième tentative de Blackwatch de niveller Manhattan Island, Rooks aide Heller à atteindre sa fille, seulement pour Galloway de le trahir et d'emmener Maya à Mercer. En confrontant Mercer, il révèle qu'il prévoit de résoudre les conflits internationaux et les problèmes mondiaux en infectant toute la race humaine, créant effectivement un super-organisme avec Maya au centre. Après que Mercer absorbe Galloway et le restant Evolved, les deux se livrent à un duel sanglant, seulement pour que James émerge victorieux et tue et consomme Mercer. Par la suite, Heller efface l'infecté dans NYZ avec la plupart du virus Blacklight; puis en utilisant les souvenirs absorbés de Mercer, Heller localise et libère Maya et Dana d'une chambre forte. L'histoire se termine alors par les trois qui donnent sur New York avant que Dana ne se demande quoi faire ensuite.