Puyo Pop Fever

Le mode d'histoire du jeu est divisé en trois cours qui suivent l'aventure sur Amitie, une fille stupéfiante qui fréquente une école magique, où elle est enseignée par Accord comment lancer des sorts magiques en utilisant Puyo. Dans l'histoire principale du jeu, Accord a perdu sa canne volante, l'équivalent d'une baguette magique, et prétend avoir une récompense pour l'étudiant qui peut la trouver. La joueuse joue le rôle d'Amitie alors qu'elle s'aventure à travers le monde Puyo Puyo Fever pour trouver la canne, tout en rencontrant de nombreux personnages fous le long du chemin et les combattre. Dans une version plus dure du mode histoire, on joue comme le rival d'Amitie, Raffina. Le mode d'histoire que l'on joue détermine les personnages qu'on rencontrera et qui finalement trouve la baguette. En jouant comme Raffina près de la fin du jeu, il est révélé que Accord n'a jamais réellement perdu sa canne volante. Elle prévoit ensuite de révéler le secret d'Accord et Popoi, mais échoue dans sa fin, car elle est frappée inconsciente par Accord, perdant tous les souvenirs de l'incident de la canne volante. Elle reprend conscience près de son école où Amitie et ses amis la félicitent.