Xenosaga Episode II: Jenseits von Gut und Böse

L'histoire a lieu des milliers d'années dans l'avenir, lorsque l'humanité a quitté la Terre, qui est maintenant appelée Jérusalem perdue, et a fondé un empire des étoiles. La principale menace que l'humanité doit affronter est l'apparition d'une race extraterrestre super-puissante appelée la Gnose. L'histoire reprend juste après les derniers événements du premier épisode. Shion Uzuki, le jeune ingénieur qui a conçu le puissant androïde KOS-MOS, arrive avec ses amis sur la planète Second Miltia. Ils visent à en apprendre davantage sur l'héritage de feu le génie scientifique Joachim Mizrahi, et déjouer les schémas des mystérieux antagonistes Albedo et Margulis. Jin Uzuki, le frère de Shion, qui n'a été mentionné que dans le premier chapitre, devient un personnage contrôlable important dans le deuxième épisode. Une grande partie du contenu de l'intrigue est consacrée à explorer le passé et les origines de Jr., ainsi que son lien avec Albedo.